Magneetkaartlezers zijn inmiddels als toegangscontrole systeem in risico omgevingen achterhaald aangezien het zeer eenvoudig is om de codering uit te lezen en vervolgens de kaart te kopiëren. Tevens zijn de magneetkaarten gevoelig voor externe magneetvelden waardoor de codering op de kaart gewist kan worden. Een ander bijkomend probleem met magneetkaarten is dat de leeskop waar de kaarten langs gehaald wordt regelmatig gereinigd moet worden en bovendien aan slijtage onderhevig is.
Door de lage prijs van magneetkaarten wordt een systeem met magneetkaartlezers toch nog vaak gebruikt voor situaties met een hoog kaartverbruik zoals bijvoorbeeld evenementen, maar ook wel bij bijvoorbeeld sportverenigingen.
Enigszins veiligheidsverhogend is een combinatie van een magneetkaart met daarbij bijvoorbeeld een persoonlijke code, maar in de regel kunnen we stellen dat het systeem achterhaald is door proximity en biometrische systemen